Gramvärjäyksiä ja agarviljelmiä

Kevät. Muutamana päivänä on jo alkanut tuntua, että sitä kohti ollaan kovaa menossa. Lähtiessäni eilen yliopistolta kotia kohti, kuulin lintujen laulua ja tuli heti niin keväinen olo. Tänään aurinko on paistanut ja on voinut nauttia kauniista talvipäivästä. Väistämättä kevät lähestyy! Itselläni on kovin ristiriitaisia tunteita kevääseen liittyen. Toisaalta on ihana seurata luonnossa tapahtuvia muutoksia, varsinkin lehtien ja kukkien puhkeaminen on todella kaunista, mutta siihen on onneksi vielä aikaa. Toisaalta alkaa hieman ahdistaa, kun tekisi mieli kuluttaa aikaa ulkona ilmasta nautiskellen, ja kuitenkin samaan aikaan tietää, että pitäisi keskittyä opiskelemiseen. Jokakeväinen ongelma, aurinko vastaan kirjat. Aiemmin keväisin istuin pääsykoekirjojen parissa, tänä vuonna taidan nautiskella enimmäkseen patologian kirjan antimista.

Spesifisen bakteriologian muutamat ensimmäiset luennot olivat jo joulukuussa, ennen viiden viikon perioditaukoamme, joten omasta (ja kuulemma aika monen muunkin) päästä nämä luennot ovat aika hyvin unohtuneet. Ennemmin olisi aloittanut loman aikaisemmin ja toisesta päästä loma olisi sitten puolestaan loppunut viikkoa aiemmin. Näin bakteriologian luennot olisivat olleet järkevästi heti peräkkäin eikä tietoa ehkä olisi hukkunut matkan varrelle niin paljon.

Tänä vuonna Spesifisessä bakteriologiassa olemme päässeet todella käytännönläheiseen puuhaan laboratorioharjoituksissa. Moni, minä mukaanlukien, on ollut innoissaan näistä labroista ja miksi ei olisi, sillä bakteerien tunnistamiseen käytettävät menetelmät on ihan hyvä hallita sitten kliinisessäkin työssä. Nyt onkin pari viikkoa taukoa ennen kuin palaamme labroihin tekemään käytännön kokeen, jossa harjoitustöistä tuttuun tapaan yritämme tunnistaa saamassamme näytteessä olevaa bakteeria. Täysin oikeaan vastaukseen meidän ei kuulemma tarvitse päästä, kunhan vastauksemme on hyvin perusteltu.

Työskentely tapahtui alusta saakka pareittain ja sama pari pysyi aika lailla koko neljän viikon harjoitustöiden ajan. Vuosikurssi oli jaettu kolmeen ryhmään, jotka sitten aika lailla vuoroviikoin olivat aamu- tai iltapäiväharjoituksissa. Harjoitustöitä oli parin tunnin ajan kolmena tai neljänä päivänä viikossa eli ei mitenkään mahdottoman pitkiä aikoja. Useimmiten labroista sai karata jo aikaisemminkin pois, kunhan oli päivän ohjelmaan kuuluvat työt tehnyt. Harjoitukset sai tehdä hyvin vapaasti omaan tahtiin, joten ainakin itse koin hyödylliseksi sen, että oli edes vähän vilkaissut ohjeita ennen labratöiden aloittamista. Näissä töissä kun ei varsinaisesti riittänyt se, että osasi kertoa jonkun testin olevan positiivinen, vaan piti myös osata kertoa mitä tämä positiivisuus käytännössä tarkoitti. Tämä helpotti myös bakteerien tunnistamisessa.

Staphylococcus aureuksen (grampositiivinen kokki) värireaktio mannitoli-suola-agarilla oli aika hieno.
Kuva: http://classes.midlandstech.edu/carterp/courses/bio225/chap06/figure_06_10_labeled_81.jpg

Labroissa ensimmäisellä viikolla opettelimme lähinnä työskentelyä laboratoriossa ja perustekniikoita. Saimme veriagareita, joilla oli tiettyjä bakteereita, ja tutkimme niiden pesäkemorfologiaa silmämääräisesti, arvioimme hajua ja tarkastelimme mahdollista hemolyysiä. Teimme itse puhdasviljelmiä näistä viljelmistä uusille agareille ja liemiin sekä harjoittelimme gram-värjäyksen tekemistä. Gramvärjäyksiä tarkastelimme sitten mikroskoopilla. Joillekin bakteereille teimme katalaasitestejä ja joillekin oksidaasitestejä. Lisäksi ensimmäisen viikon aikana pohdittiin bakteerien hapenkäyttöä. Saimme samasta bakteerista eri viljelmät, joista toinen oli kasvatettu aerobisissa ja toinen anaerobisissa olosuhteissa. Näiden perusteella piti päätellä, mikä bakteeri on aerobi, mikä obligaatti anaerobi ja mikä fakultatiivinen anaerobi. Jokaisen viikon lopuksi käytiin yhteisesti läpi loppuyhteenveto, missä tulikin kattavasti esiin viikon aikaisia testejä ja tapahtumia sekä mahdollisia poikkeavuuksia tai epänormaaleja asioita testeissä.

Toisella viikolla tutkimme grampositiivisia kokkeja. Jälleen tarkastelimme viljelmiä maljoilla ja niistä tehtyjä gramvärjäyksiä mikroskoopilla. Saimme kukin pari esimerkiksi tietyn maitonäytteen, jolle oli olemassa tietty anamneesi (= esitiedot potilaasta), ja sille tehtyjen testien perusteella piti päätellä viikon aikana, mikä bakteeri oli kyseessä. Käytimme erilaisia agareita viljelmissä, sillä ne kertovat myös bakteereiden ominaisuuksista paljon. Kaikki bakteerit eivät kasva kaikilla agareilla ja osa voi esimerkiksi muuttaa agarin väriä käyttäessään siinä olevia aineita ravintonaan. Tarkoitus oli myös tarkastella muidenkin ryhmäläisten bakteereita ja niiden tutkimuksia sekä demo-bakteereita kullakin viikolla.

Kolmannella viikolla vuorossa olivat grampositiiviset sauvat. Viljelmien tarkastelua, gramvärjäyksiä, mikroskopointia, katalaasikokeita... Näihin labroihin sai tuoda myös lemmikkinsä virtsanäytteen, jonka viljelimme CLED-agarille bakteerien laktoosinkäyttöä tutkiaksemme. Saimme jälleen anamneesejä ja niihin liittyviä mysteerinäytteitä, joista teimme viljelmiä ja joille teimme testejä viikon aikana labroissa bakteerin tunnistamiseksi. Neljäs viikko käytettiin gramnegatiivisten sauvojen parissa. Tutkimme hevosen ulostenäytteestä salmonellaa sekä näytteitä, joille oli tietyt anamneesit. Käytettävissä oli taas useita erilaisia agareita ja eri testejä ja kaikkien näiden perusteella piti päätellä anamneesiin sopiva bakteeri.

Escherichia coli EMB- eli eosiini-metyleenisiniagarilla. Pesäkkeissä huikean kaunis, kovakuoriaisista tuttu vihreä metallihohde. Kyseessä gramnegatiivinen sauva.
Kuva: http://40.media.tumblr.com/e7c13b1946d3e1a94cce6c4265a5242d/tumblr_n8rjrcCm7R1ssd0o0o3_400.jpg

Aivan täydellisesti labratyöt eivät sujuneet, sillä välillä unohtui bunsen-liekki päälle, kun kumpikaan työparista ei ollut pöydän ääressä, välillä gramvärjäyksistä tuli liian paksuja ja välillä kynnettiin liian syvään agarilla viljelmää tehtäessä. Vakavia virheitä ei kuitenkaan tapahtunut ja sitähän varten näitä harjoitustöitä tehdään, että opitaan! Välillä toki ehkä mietitytti aseptisuuden riittävyys, sillä en ainakaan itse mielelläni olisi halunnut tuoda kotiin mukanani mitään ylimääräisiä bakteereja. Ensimmäisellä viikolla varsinkin tuntui, että omat kädet olisivat täynnä labrassa käsiteltyjä bakteereit, vaikka kuinka huolellisesti kätensä pesi! Omien tavaroiden tuominen laboratorioon kynää ja labramateriaaleja lukuunottamatta oli kielletty, mutta puhelinten kohdalla tämäkin tuotti osalle vaikeuksia. Mielelläni olisin itsekin kuvannut melkeinpä kaiken, mitä labroissa tein, mutta kielto on kuitenkin kielto ja siihen on perustellut syynsä. Onneksi Googlekin löytää paljon havainnollistavia kuvia, vaikkakin tuossa E. coli-kuvassa käytetty viljelytapa ei vastaakaan meille opetettua tapaa. Meillä vain ensimmäinen sively tehdään noin tiheästi, siitä eteenpäin edellisellä "sektorilla" käydään vain kerran, ei moneen kertaan.

Odottelen ihan hyvillä mielin tulevaa käytännön koetta. Saamme käyttää kaikkea mahdollista materiaalia tuossa kokeessa ja aika hyvä materiaalit meillä mielestäni onkin. Ainakin niiden perusteella on ihan hyvin onnistunut tunnistamaan harjoitustöiden bakteereita. Eiköhän kaikki suju ihan hienosti, kunhan vain muistaa edetä loogisesti päätelmissään eikä hötkyile suotta. :)