DNA:n ihmeellinen maailma

Tällä viikolla on aloiteltu luentoja solu- ja molekyylibiologian parissa. Alkuun on käyty läpi osittain tuttujakin asioita liittyen DNA:han, kromosomeihin, replikaatioon sekä mutaatioon ja rekombinaatioon. Varmasti paljon uuttakin asiaa on tullut lisätietona vanhan rinnalle. Varsinkin entsyymejä on jos jonkinlaisia.

Solu- ja molekyylibiologiasta kerrotaan opinto-oppaassa näin:

Opiskelija

• tunnistaa pääpiirteet nukleiinihappojen rakenteesta ja biokemiallisista ominaisuuksista ja osaa selittää miten nämä mahdollistavat nukleiinihappojen biologiset tehtävät
• ymmärtää pääpiirteet DNA:n korjausmekanismeista ja osaa kuvata niiden merkityksen genomin stabiliteetille
• osaa kuvata mutaatioiden pääasialliset syntymekanismit ja mutaatioiden merkityksen evoluutiolle
• osaa kuvata geenien ilmentymisen ja sen säätelyn eri vaiheet
• ymmärtää solujenväliseen signaloinnin yhteyden geenien ilmentymiseen 
• tunnistaa solutukirangan ja soluliitosten rakenteet ja selittää niiden tehtävät mukaan lukien solujen liikkuminen ja solunsisäinen kuljetus sekä merkityksen soluille ja kudoksille 
• osaa vertailla solusyklin, solukuoleman ja syövän molekyylitason mekanismeja 
• tutustuu yleisimpiin tutkimuskäytössä oleviin solu- ja molekyylibiologian malliorganismeihin sekä yleisimpiin solu- ja molekyylibiologisiin tutkimusmenetelmiin ja niiden soveltamiseen 
• osaa kuvata PCR- ja kloonaustekniikat ja arvioida niiden käyttöä eri tilanteissa 
• osaa hakea geeni- ja genomitietoa eri tietokannoista bioinformatiikan menetelmillä

Luentojen lisäksi kurssiin kuuluu kolme harjoitustyötä ja kaksi laboratoriokertaa. Harjoitustyöt ja labrat ovat tuttuun tapaan pakollisia. Yksi harjoitustöistä suoritetaan itse valitusta aiheesta (kurssin aihepiiriin liittyen) pienryhmissä ja tehtävänä on etsiä kysymykseen tai ongelmaan ratkaisu ja esittää se myöhemmin koko vuosikurssille. Kysymys voi olla esimerkiksi se, esiintyykö eläimillä Downin syndroomaa. Labroissa ilmeisesti ainakin yritämme saada DNA:ta eristettyä ja näkyviin. Harjoitustöiden ja labrojen tarkemmat ohjelmat selviävät myöhemmin kun ne ovat ajankohtaisia.

Tähän itse pohdittavaan kysymykseen liittyen meille luennointiin tiedonhausta, koska ratkaisujen tulee olla tieteellisistä julkaisuista peräisin. Kunhan ensin keksii ongelman, pitää alkaa keksiä sopivia hakusanoja ja alkaa hakea mahdollisesti eri tietokannoista sopivia tieteellisiä tekstejä. En tiedä oliko tämä ajatus vain omassa päässäni, mutta koen että omalle sukupolvelleni tämä tiedonhaku ei ole mitään ydinfysiikkaa ja tuolla tiedonhakuluennolla siitä valitettavasti tehtiin vähän vaikeampaa kuin mitä se oikeasti on. Kyllä aika lailla jokainen meistä varmaan ymmärtää jo miten tietoa haetaan, mutta hyödyllisintä luennolla olikin selvittää mistä tietokannoista mitäkin kannattaa hakea.

Tällä viikolla päivät täyttyivät siis sekä verenkierrolla ja hengityksellä että solu- ja molekyylibiologialla. Ensi viikolla mukaan tulee näiden lisäksi vielä kehitysbiologian jakso, mutta onneksi (tai miten sen nyt ottaa...) VeHestä on jo aika pian tulossa tenttikin. Ensi viikolla tosiaan päästään myös elävien koirien pariin fysiologian harjoitustöissä, sitä aika moni varmasti odottaa jo innolla!

Verta, happea ja ... imunestettä?

Hyvää uutta vuotta!

Hyvin tämä vuosi onkin alkanut, sillä tällä viikolla on jo aloitettu opiskelu vauhdikkaasti verenkierron ja hengityksen parissa. Vaikka tätä opintojaksoa on ollut vasta kolmena päivänä, niihin on mahtunut sekä pari luentoa että pari harjoitustyötä verisolujen parissa.

Verenkierrosta ja hengityksestä kerrotaan opinto-oppaassa näin:

Opiskelija

• tunnistaa verenkierto- ja hengityselimistön sekä imutiejärjestelmän makroskooppiset ja histologiset rakenteet, mukaan luettuna veren solut
• osaa nimetä ja paikallistaa tärkeimmät verisuonet, imutiet ja imusolmukkeet
• osaa johdonmukaisesti kuvailla edellä mainittuihin rakenteisiin liittyvät toiminnot, niiden säätymisen sekä merkityksen elimistön yleisen toiminnan kannalta

Verityöt (kuten harjoituksissa ohjaaja hauskasti ilmaisi) jatkuvat vielä seuraavalla viikollakin, sitten vuorossa on EKG:tä, sydänääniä, spirometristä mittausta, hengityskaasuja, histologiaa, verenpainetta sekä elvytystä käsitteleviä harjoitustöitä. Harjoitustöitä on yhteensä kahdeksana päivänä ja niissä on läsnäolopakko. Muistaakseni sydänääniä koskevaan harjoitustyöhön käytämme taas vuosikurssilaistemme koiria. Näistä harjoitustöistä ei ilmeisesti tarvitse tehdä mitään kirjallisia selostuksia, tai ainakaan kukaan ei ole vielä sellaisesta mitään maininnut.

Ensimmäisillä kerroilla olemme tutkailleet punasoluja ja niiden käyttäytymistä hyper- ja hypotonisissa liuoksissa. Olemme laskeneet punasolujen lukumäärää Burkerin laskukammion avulla, vaikka klinikkaolosuhteissa tätä ei enää juurikaan tarvitse tehdä. Välillä voi kuitenkin tulla vastaan tilanteita, joissa määrityslaitteisto ei toimi tai sitä ei ole käytettävissä, jolloin on tartuttava mikroskooppiin ja alettava laskea punasolujen määrää. Punasoluindeksit toimivat apuna sairauksien määrittämisessä. Plasman osmoottisen paineen ymmärtäminen on viimeistään nyt tärkeää, sillä osmolaarisuuden avulla määritetään nesteytyksessä käytettävien isotonisten liuosten koostumus. Hypertonisessa liuoksessa punasolujen osmoottinen paine on pienempi kuin solujen ulkopuolella, jolloin punasoluista poistuu vettä ja ne kutistuvat. Vaarallisempaa punasoluille on kuitenkin hypotoniseen liuokseen joutuminen, sillä tällöin punasolujen osmoottinen paine on suurempi kuin solujen ulkopuolella, jolloin punasoluihin tulee lisää vettä. Tarpeeksi pullistuessaan punasolu voi räjähtää ja seurauksena on hemolyysi. Jos nesteytyksessä käyttää siis osmolariteetiltaan vääränlaista liuosta, seuraukset voivat olla hyvinkin vakavia.

Hemolyysin tutkimista.
Kuva: http://en.wikipedia.org/wiki/Hemolysis

Lisäksi jaksoon kuuluu anatomian leikkelyitä, jotka suoritetaan vasta tentin jälkeen yhdessä hermostoon liittyvien leikkelyiden kanssa. Leikkelyt eroavat tällä kertaa aiemmista siten, että opiskelemme itse pienryhmissä asiat (toki opettajien avustuksella) ja sitten vaihdamme ryhmää ja opetamme saman asian muille (myös opettajien valvomana). Lopuksi on vielä suullinen tentti alkuperäisen pienryhmän mukana. Tentissä tulisi hallita sitten käytännössä koko elimistön keskeisten verisuonten, hermojen ja imusolmukkeiden sijainti ja viralliset nimet sekä kliinisesti merkittävät kohdat. Ainakin tällä hetkellä nämä dissektiot kuulostavat sekä mielenkiintoisilta että jännittäviltäkin. Nyt viimeistään lienee syytä huolehtia siitä, että omat opiskelumetodit alkavat olla kunnossa, koska asiaa tulee varmasti olemaan paljon!

Seuraavalla viikolla kalenteria täyttää myös solu- ja molekyylibiologia ja sitä seuraavalla viikolla alkaa puolestaan kehitysbiologia. Melko tiiviitä päiviä on siis tiedossa eikä ajankäytön suhteen todennäköisesti tule muuta ongelmaa kuin se, mistä saisi lisää aikaa kaiken opiskeluun.

Ensikosketus Saareen

Ennen joululoman alkua ehdimme saada opiskelijahaalarit itsellemme. Lomalla on sopivasti aikaa pistellä neulalla sormeensa jo kertyneitä haalarimerkkejä ommellessa! Haalarivastaavilla onkin riittänyt syksyn aikana hommaa sponsoreita hankkiessa, mutta uurastus on vihdoin palkittu. Haalarit näyttävät kovin tyhjiltä ja karuilta vielä toistaiseksi, mutta eiköhän siihen tule muutos hyvinkin nopeasti. Ainakin haalarimerkkejä on ollut tyrkyllä yhdessä jos toisessakin tapahtumassa.

Vielä viimeisellä opiskeluviikollamme lähes koko vuosikurssimme pääsi nauttimaan Vetcaren tarjoamasta jouluruokailusta Viikin Gardeniassa tropiikin tuoksussa. Ruokailun jälkeen kuuntelimme hetken Vetcaren yritysesittelyä sekä tuotteiden esittelyä ja kuulimme jokusen todellisen potilastapauksenkin hoitamisesta. Paras osuus oli kuitenkin esityksen lopuksi, kun saimme käsiimme ensimmäiset ikiomat stetoskooppimme. Tämän osuuden jälkeen oli vuorossa vuosikurssimme omat pikkujoulut, jossa ahtauduimme Kuopioon syömään, juomaan ja juoruilemaan.

Vetcare-infon antia, tuote-esitteitä

Lukukauden viimeinen päivä sisälsi ohjelmaa Saaren tuotantoeläinsairaalassa Mäntsälässä, jonne suurin osa porukasta saapui kahdella bussilla Viikistä. Vuosikurssi oli jaettu neljään ryhmään, joissa pyörimme koko päivän kuunnellen luennointia Saaren klinikkatyöskentelyyn ja opiskeluun liittyen, lehmiä maalaten sekä Saarella olleeseen Joulumaahan vapaasti tutustuen.  Luennointiosuuksissa kuulimme mm. että saamme viettää jo kolmantena vuonna viikon tuotantoeläinsairaalassa. Tämä on ilmeisesti aika uusi juttu vielä, eikä kauhean moni muu vuosikurssi ole päässyt näin aikaisin Saarelle. Varsinainen klinikkaopiskelu Saarella on sitten tosiaan vasta viidentenä vuonna, joten tämä kolmannen vuoden viikko toimii hyvin pienenä maistiaisena meille! Klinikkavuoteen on nyt myös mahdollista sisällyttää muistaakseni parin viikon reissu Pohjanmaalle paikallisen eläinlääkärin matkaan. Tämä siksi, että sikatiloja ei juuri Mäntsälän alueelta löydy, ja tuotantoeläinpraktiikkaan suuntaaville myös sikakokemuksien kerryttäminen on erittäin hyödyllistä. Tosi hienoa, että kyseinen eläinlääkäri on suostunut ottamaan opiskelijoita ohjaukseensa! Kuulemma viime vuonna näitä innokkaita sikailijoita oli parisenkymmentä. Toivottavasti mitään mullistavaa ei tapahdu ennen omaa klinikkavuottamme, ja tämä mahdollisuus on edelleen meillekin tarjolla.

Kuulimme myös tuotantoeläinlääkärin varsin käytännönläheisen näkökulman työelämästä. Rankalta kuulosti tulevaisuus päivystysten parissa, mutta varmasti se on myös tietyllä tapaa antoisaa. Pääsimme myös pohtimaan eläinlääketieteen opiskelun erityispiirteitä sekä miettimään, millainen fiilis syksystä on jäänyt ja millaisia pelisääntöjä esimerkiksi ryhmätyöskentelyssä tarvitaan. Pakko vaan sanoa, että kyllä meillä on hyvä porukka ja on kyllä hienoja ajatuksia tulevilla kollegoillani jo nyt!

Ensimmäinen oma stetoskooppi, kiitos Vetcare!

Edellisenä päivänä saadut stetoskoopit pääsivät käyttöön kuunnellessamme lehmien pötsi- ja sydänääniä. Pötsiäänien kuvailtiin kuulostavan ukkoselta tai myrskyltä ja siltä se kieltämättä vaimeasti kuulostikin. Perehdyimme lisäksi joihinkin tärkeisiin rakenteisiin, joista kaikkiin emme ole edes opintojen puolesta muuten ehtineet tutustua. Sormiväreillä maalasimme lehmiin esimerkiksi luita, sektion avausviillon sekä juoksutusmahaleikkauksen avauskohdan, imusolmukkeita, joitakin injektiokohtia ja muitakin tärkeitä rakenteita. Digitalis-pulssiakin pääsi lehmältä kokeilemaan hyvin, mutta hevosella sitä ei normaalisti juuri tunnu. Lähinnä jos jotain on vialla, hevosen digitalis-pulssi tuntuu. Lehmien parissa käytetty aika jäi parhaiten mieleen sen käytännöllisyyden takia, mutta toki päivän anti oli muutenkin mielenkiintoista.

Tämä viimeinen päivä oikeastaan tuntui kruunaavan syksyn opinnot. Kovasti nämä käytännönläheiset työt kiinnostavat ja motivoivat myös teorian opiskelussa. Paljon asiaa on ehtinyt tulla syksyn aikana, eikä varmasti kaikki tieto ole pysyvästi päähän jäänytkään. Jo tässä vaiheessa on tullut hyvin selväksi, että on aivan mahdotonta muistaa kaikkea. Ihan niin kuin meille orientoivalla viikolla sanottiinkin. Kenenkään ei kuitenkaan tarvitse olla yli-ihminen, vaan tärkeät asiat kertautuvat kyllä opintojen aikana ja osan voi aina tarkistaa uudelleen kirjoista. Omat kiinnostuksenkohteet ovat vain saaneet vahvistusta entisestään ja olen aika varma oman tulevaisuuteni näkymistä. Toki aina meitä jaksetaan muistutella siitä, että vaikka miten varmana pitää omaa tulevaa työtehtäväänsä, mieli voi hyvinkin kuuden vuoden aikana vielä muuttua. Aika näyttää miten käy ja edelleen avoimin mielin suhtaudun kaikkeen tulevaan. Onneksi ei vielä tarvitse päättääkään mitään!

Hermot menee...

Viime viikot ovat taas suhahtaneet vauhdilla ohi ja on ollut vaikea löytää sopivaa hetkeä istua alas ja pohdiskella kulunutta syksyä. Toivottavasti pääsykoelukijatkin ovat edes jouluksi malttaneet laskea kirjat alas kädestään ja nautiskelleet vapaa-ajasta. Aivoillekin tekee hyvää välillä hengähtää ja ajatella aivan muita asioita kuin fysiikkaa, kemiaa ja biologiaa!

Syyslukukauden viimeiset kurssit eivät varsinaisesti olleet helpoimmasta päästä. Neurobiologia oli ehkä tähänastisista kursseista vaativin laajan sisältönsä vuoksi. Toki monet asiat kurssilla olivat selkeitä, mutta oli myös paljon pienempiä yksityiskohtia, joiden oppiminen ei ollut itsestäänselvää. Aiemmilla kursseilla luu- ja lihasopissa kurssit ovat hyvin pitkälti olleet anatomiaa. Neurobiologiassa opiskeltiin samaan aikaan sekä anatomiaa että fysiologiaa, missä on omat hyvät ja huonot puolensa. Toisaalta koen näiden osien tukeneen toisiaan, mutta toisaalta laajojen kokonaisuuksien hallitseminen kerralla toi esiin omat haasteensa. Toki tulevaisuudessa eläinlääkärin on syytä hallita vieläkin laajempia kokonaisuuksia, joten ihan hyvää esimakua tämä raakaan todellisuuteen toi.

Ennen tenttiä pääsimme harjoittelemaan neurologisen tutkimuksen tekemistä joidenkin vuosikurssilaistemme koirilla. Olimme etukäteen tutustuneet mm. videoilta normaaleihin reaktioihin ja vastaavasti myös epänormaaleihin tapauksiin. Neurologinen tutkimus sisälsi potilaan yleistilan, asentotuntoreaktioiden, aivohermojen ja selkäydinrefleksien tutkimisen. Kaikki koirat vaikuttivat yhteistyöhaluisilta, mikä ei toisaalta vastaa välttämättä todellista tilannetta vastaanotolla. Yritän ainakin itse päästä hyödyntämään tuttujeni koiria, jotta neurologisen tutkimuksen tekeminen onnistuisi sitten tulevaisuudessakin.

Neurologisen tutkimuksen lisäksi saimme kurkistella koirien silmiin oftalmoskoopilla. Ajatuksena kuulostaa helpolta, osoitellaan valolla silmään ja tutkitaan silmänpohjaa. Käytännössä se ei ihan niin mennyt. Aika moni onnistui jotain silmästä näkemään, ainakin vilauksen verisuonista, kun tavoitteena oli nähdä näköhermon pää, papilla nervi optici, josta silmään tulevat myös verisuonet. Silmälääkärillä käyneet ihmisetkin varmasti muistavat, että valon osoittaminen suoraan silmään ei tunnu varsinaisesti kovin mukavalta, ja samaa mieltä olivat tutkittavat koirammekin. Moni niistä alkoi liikehtiä levottomasti ja yritti paeta oftalmoskoopilla silmiään osoittelevia eläinlääkärinalkuja. Onneksi tätäkin voi harjoitella myös kotona tai kavereiden eläimillä, sillä oftalmoskooppeja saa lainata. Harjoittelua tämä osuus tarvitseekin!

Kuva: http://veterinaryvision.com/for-veterinarians/clinical-forum/specific-disease-topics/retinal-degeneration-2/

Seuraavan kirjoituksen ajattelin raapustella tämän vuoden viimeisestä "koulupäivästä", jonka vietimme Saaren tuotantoeläinsairaalassa Mäntsälässä. Kyllä sitä päivää olikin odotettu ja oli kiva päästä rapsuttelemaan lehmiä!

Lab rats!

Pari viikkoa on nyt kulutettu labran penkeillä istuen ja pipetoiden milloin mitäkin liuosta. Solun aineenvaihdunta -kurssiin kuuluneet biokemian labrat sisälsivät 7 erilaista työtä, joista ainakin osa tulee tutuiksi myös kliinisessä työssä. Jälleen kerran vuosikurssimme oli jaettu puoliksi ja ensimmäisen viikon toinen ryhmä suoritti labroja aamupäivällä ja toinen ryhmä iltapäivällä, toisella viikolla päinvastoin. Labroihin saimme hienot labratakit Orionilta, jossa pääsimme vierailemaan ja nauttimaan maistuvasta illallisesta. 

Työt olivat melko yksinkertaisia suorittaa, joskin niihin kyllä kannatti perehtyä etukäteen, jos halusi mitään työstä ymmärtää. Työt tehtiin 2-3 hengen pienryhmissä eli kenenkään ei tarvinnut tehdä mitään yksin ja apua sai tarvittaessa kaverilta. Monesti työt tehtiin hyvin nopeasti, eikä aikaa ollut liiemmin miettiä, mitä missäkin vaiheessa tapahtuu. Yhdestä työstä piti kirjoittaa kirjallinen työselostus, jossa oli tarkoitus pohtia miksi mitäkin reagenssia käytettiin ja mikä meni pieleen työssä ja miksi. Työselostuksen sai tehdä kolmesta vaihtoehdosta. 

Kiitos Orionille labratakkien sponsoroinnista!

Ensimmäiseksi labrakurssilla perehdyttiin pipettien käyttöön ja harjoiteltiin standardisuoran tekemistä ja spektrofotometristä mittausta. Aivan turhaan pääsykokeessakaan ei laimennuslaskuja esiinny, sillä pääsimme heti ensimmäisen labratyön aikana laskemaan tarvittavan laimennoksen määrää ja myöhemmin monissa töissä piti huomioida käytetty laimennus- tai sekoitussuhde. Toisella kerralla määritettiin plasman tai seerumin proteiinipitoisuutta ensimmäisellä kerralla tehdyn standardisuoran perusteella. Määrityksen teimme oikeista, klinikalta saaduista näytteistä, joten pystyimme heti vertaamaan saamaamme tulosta klinikalla saatuun tulokseen. Lisäksi opettaja kertoi lopuksi vähän taustatietoja kunkin pienryhmän potilaasta. 

Kolmannessa työssä eristettiin DNA:ta soluviljelmän soluista ja laskettiin saadun DNA-näytteen pitoisuus. Tässä työssä piti varoa, ettei pipetoinut vahingossa DNA-rihmaa pois putkesta. Neljännessä työssä tarkasteltiin proteiinien denaturoitumista ja liukoisuutta pipetoimalla plasman proteiineja erilaisiin liuoksiin. Proteiinien käyttäytymistä piti seurata ja kertoa, mistä se johtuu. Viidennessä työssä määritettiin seerumin ALAT-aktiivisuutta, joka on ainakin hyvin tärkeä kliinisessä työssä. Seerumissa kun ei normaalisti pitäisi olla juurikaan ALAT-entsyymiä, joten suuri ALAT-aktiivisuus on merkki maksavauriosta. Tämäkin määritys tehtiin oikean potilaan seerumista ja oli mielenkiintoista kuulla potilaiden taustatietoja. Kuudennessa työssä määritettiin seerumin kolesterolipitoisuus spektrofotometrisesti standardisuoraa käyttämällä. Seitsemäs työ oli glukoosipitoisuuden entsymaattinen määritys Spritesta spektrofotometrisesti. Aika monessa työssä siis piti käyttää lukiosta tuttuja laskukaavoja, joten ne on ihan hyvä hallita edes jollain tasolla. 

Ainakin omasta mielestäni labrat olivat ihan mukavaa vaihtelua pelkille luennoille, joilla nyt viimeaikoina olemme taas saaneet istuskella. Työselostuksen kirjoittaminenkaan ei mikään ylitsepääsemättömän vaikea tehtävä ollut. Varmaan aika moni meistä osaa viimeistään nyt pipetoida sujuvasti ja tarkasti ja eiköhän tuo absorbanssin mittaaminenkin melko selväksi tullut.